COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 2.537990 2.537990 2.604053
2020-09-16 17:00:00 2.498408 2.498408 2.592027
2020-09-15 17:00:00 2.433471 2.433471 2.583410
2020-09-14 17:00:00 3.164935 2.513024 2.551220
2020-09-13 17:00:00 2.984036 2.984036 2.536717
2020-09-12 17:00:00 2.654194 2.654194 2.520815
2020-09-11 17:00:00 2.630979 2.630979 2.482748

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 3.173077 3.173077 2.293257
2020-09-16 17:00:00 1.776900 1.776900 2.166781
2020-09-15 17:00:00 2.743902 2.743902 2.094825
2020-09-14 17:00:00 1.333333 1.565762 2.027964
2020-09-13 17:00:00 2.850539 2.850539 2.011777
2020-09-12 17:00:00 1.148225 1.148225 1.944887
2020-09-11 17:00:00 3.089144 3.089144 1.930184

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 0.857633 0.857633 0.766633
2020-09-16 17:00:00 0.938086 0.938086 0.861076
2020-09-15 17:00:00 1.006036 1.006036 0.892032
2020-09-14 17:00:00 0.000000 0.000000 0.875354
2020-09-13 17:00:00 0.833333 0.833333 0.928970
2020-09-12 17:00:00 0.606796 0.857633 0.956723
2020-09-11 17:00:00 1.957586 0.897227 0.984690

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 0.867209 0.867209 0.818980
2020-09-16 17:00:00 1.138406 1.138406 0.847691
2020-09-15 17:00:00 0.337553 0.337553 0.847664
2020-09-14 17:00:00 0.445104 0.215054 0.868188
2020-09-13 17:00:00 1.064639 1.064639 0.920541
2020-09-12 17:00:00 1.176471 1.176471 0.955466
2020-09-11 17:00:00 0.509879 1.051625 0.987648

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 2.821181 2.821181 3.100702
2020-09-16 17:00:00 3.846154 3.846154 3.094399
2020-09-15 17:00:00 4.046415 4.046415 3.025038
2020-09-14 17:00:00 4.164739 4.164739 3.101033
2020-09-13 17:00:00 3.276047 3.276047 3.047714
2020-09-12 17:00:00 2.118906 2.118906 2.984547
2020-09-11 17:00:00 2.076843 2.076843 2.982474

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 2.482510 2.482510 2.721295
2020-09-16 17:00:00 2.349291 2.349291 2.691806
2020-09-15 17:00:00 3.639010 2.775927 2.673174
2020-09-14 17:00:00 4.608128 2.814716 2.668898
2020-09-13 17:00:00 3.182020 3.182020 2.654750
2020-09-12 17:00:00 2.806589 2.806589 2.640960
2020-09-11 17:00:00 3.141145 3.141145 2.611212

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 4.659763 2.699704 2.977932
2020-09-16 17:00:00 2.061123 2.061123 3.110565
2020-09-15 17:00:00 2.587322 2.587322 3.149998
2020-09-14 17:00:00 0.886918 0.886918 3.160243
2020-09-13 17:00:00 4.554656 4.554656 3.232356
2020-09-12 17:00:00 4.529617 4.529617 3.196528
2020-09-11 17:00:00 3.195489 3.195489 3.183030

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 2.261935 2.261935 1.930492
2020-09-16 17:00:00 2.479339 1.994922 1.924348
2020-09-15 17:00:00 1.815095 1.815095 1.885205
2020-09-14 17:00:00 2.328573 2.328573 1.862510
2020-09-13 17:00:00 1.728932 1.728932 1.832254
2020-09-12 17:00:00 1.755777 1.755777 1.804761
2020-09-11 17:00:00 1.473077 1.473077 1.779290

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 3.490401 3.490401 5.414713
2020-09-16 17:00:00 4.649682 4.649682 5.421607
2020-09-15 17:00:00 10.078628 5.396712 5.427201
2020-09-14 17:00:00 12.172285 4.646176 5.441796
2020-09-13 17:00:00 10.143043 5.777778 5.688256
2020-09-12 17:00:00 7.865169 7.865169 5.631324
2020-09-11 17:00:00 5.470314 5.470314 5.622079

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 2.092642 2.092642 2.194624
2020-09-16 17:00:00 1.332998 2.053991 2.160593
2020-09-15 17:00:00 1.229394 1.753283 2.154698
2020-09-14 17:00:00 2.416860 2.141234 2.194192
2020-09-13 17:00:00 3.152510 3.152510 2.207410
2020-09-12 17:00:00 2.662575 2.662575 2.168884
2020-09-11 17:00:00 2.246111 2.246111 2.157208

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 3.767821 4.710376 3.846713
2020-09-16 17:00:00 5.033113 5.033113 3.758765
2020-09-15 17:00:00 1.902174 1.902174 3.666588
2020-09-14 17:00:00 5.000000 1.437908 3.501546
2020-09-13 17:00:00 4.229935 4.964990 3.403049
2020-09-12 17:00:00 3.529412 3.529412 3.271538
2020-09-11 17:00:00 5.086849 5.086849 3.154895

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 0.751880 0.751880 1.255509
2020-09-16 17:00:00 3.125000 3.125000 1.262966
2020-09-15 17:00:00 0.429185 0.429185 1.278659
2020-09-14 17:00:00 1.777778 1.777778 1.406766
2020-09-13 17:00:00 0.903614 0.903614 1.407483
2020-09-12 17:00:00 1.282051 1.282051 1.355899
2020-09-11 17:00:00 1.041667 1.041667 1.385109

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 1.607717 1.607717 2.544971
2020-09-16 17:00:00 1.840491 1.840491 2.578131
2020-09-15 17:00:00 4.740406 4.740406 2.564239
2020-09-14 17:00:00 1.666667 1.666667 2.518956
2020-09-13 17:00:00 5.141388 1.735219 2.536642
2020-09-12 17:00:00 3.205128 3.205128 2.569518
2020-09-11 17:00:00 4.718693 4.718693 2.568844

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 10.497238 3.522099 4.045426
2020-09-16 17:00:00 3.945746 3.945746 3.947831
2020-09-15 17:00:00 5.899705 5.899705 3.855731
2020-09-14 17:00:00 8.888889 8.888889 3.899580
2020-09-13 17:00:00 1.855670 1.855670 3.981832
2020-09-12 17:00:00 3.308271 3.308271 4.245164
2020-09-11 17:00:00 4.700162 4.700162 4.338479

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 2.937474 2.937474 3.609838
2020-09-16 17:00:00 4.804928 4.804928 3.647867
2020-09-15 17:00:00 2.846715 2.846715 3.554210
2020-09-14 17:00:00 3.434685 3.434685 3.507643
2020-09-13 17:00:00 2.871148 2.871148 3.422053
2020-09-12 17:00:00 5.201342 5.201342 3.350782
2020-09-11 17:00:00 3.149171 3.149171 3.283533

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 2.221439 2.221439 2.867062
2020-09-16 17:00:00 4.529464 3.342128 2.857475
2020-09-15 17:00:00 3.095723 3.095723 2.835970
2020-09-14 17:00:00 2.732975 2.732975 2.826042
2020-09-13 17:00:00 4.852071 4.852071 2.846746
2020-09-12 17:00:00 1.952724 1.952724 2.789402
2020-09-11 17:00:00 2.942232 2.942232 2.754973

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 3.089037 3.089037 3.159754
2020-09-16 17:00:00 1.764706 1.764706 3.244074
2020-09-15 17:00:00 2.599278 2.599278 3.324476
2020-09-14 17:00:00 5.056180 5.056180 3.457333
2020-09-13 17:00:00 3.510638 3.510638 3.460109
2020-09-12 17:00:00 3.377483 3.377483 3.486880
2020-09-11 17:00:00 3.387181 3.387181 3.526634

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 2.749141 2.749141 2.908312
2020-09-16 17:00:00 2.419355 2.419355 2.907683
2020-09-15 17:00:00 2.637890 2.637890 2.907915
2020-09-14 17:00:00 4.689755 4.689755 2.940826
2020-09-13 17:00:00 2.862506 2.862506 2.923137
2020-09-12 17:00:00 1.775626 1.775626 2.946333
2020-09-11 17:00:00 4.193548 4.193548 2.964690

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 2.306202 2.306202 1.946794
2020-09-16 17:00:00 1.933820 1.933820 1.943082
2020-09-15 17:00:00 1.416235 0.878603 1.932168
2020-09-14 17:00:00 2.549697 1.260953 1.931443
2020-09-13 17:00:00 1.944860 1.944860 1.959973
2020-09-12 17:00:00 3.055802 3.055802 1.957306
2020-09-11 17:00:00 2.937063 2.937063 1.947850

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 2.291667 2.291667 2.227294
2020-09-16 17:00:00 1.806589 1.806589 2.317653
2020-09-15 17:00:00 2.226721 2.226721 2.253134
2020-09-14 17:00:00 3.821656 1.275239 2.224512
2020-09-13 17:00:00 3.256445 3.256445 2.253668
2020-09-12 17:00:00 3.303303 3.303303 2.236100
2020-09-11 17:00:00 2.579666 1.809473 2.293565

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 0.578035 1.315789 2.579373
2020-09-16 17:00:00 1.351351 1.351351 2.455051
2020-09-15 17:00:00 3.092784 3.092784 2.677581
2020-09-14 17:00:00 14.285714 14.285714 2.521729
2020-09-13 17:00:00 1.739130 1.739130 2.411648
2020-09-12 17:00:00 1.785714 1.785714 2.290442
2020-09-11 17:00:00 8.333333 8.333333 2.280375

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-17 17:00:00 2.625241 2.625241 2.831905
2020-09-16 17:00:00 2.669577 2.669577 2.809890
2020-09-15 17:00:00 3.418549 3.418549 2.798734
2020-09-14 17:00:00 2.763819 1.275214 2.818721
2020-09-13 17:00:00 3.977591 3.977591 2.916419
2020-09-12 17:00:00 3.024326 3.024326 2.976903
2020-09-11 17:00:00 3.191293 3.191293 2.930692

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.173077 3.173077 2.293257
Basilicata 0.857633 0.857633 0.766633
Calabria 0.867209 0.867209 0.818980
Campania 2.821181 2.821181 3.100702
Emilia-Romagna 2.482510 2.482510 2.721295
Friuli Venezia Giulia 4.659763 2.699704 2.977932
Lazio 2.261935 2.261935 1.930492
Liguria 3.490401 3.490401 5.414713
Lombardia 2.092642 2.092642 2.194624
Marche 3.767821 4.710376 3.846713
Molise 0.751880 0.751880 1.255509
P.A. Bolzano 1.607717 1.607717 2.544971
P.A. Trento 10.497238 3.522099 4.045426
Piemonte 2.937474 2.937474 3.609838
Puglia 2.221439 2.221439 2.867062
Sardegna 3.089037 3.089037 3.159754
Sicilia 2.749141 2.749141 2.908312
Toscana 2.306202 2.306202 1.946794
Umbria 2.291667 2.291667 2.227294
Valle d'Aosta 0.578035 1.315789 2.579373
Veneto 2.625241 2.625241 2.831905
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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